원고가 소외 회사로부터 국외 공급 용역을 제공받으면서 일반세율을 적용하기로 합의한 후 소외 회사에 부가가치세 상당액을 지급하고 매입세액을 공제받았다가 이후 영세율을 적용한 수정신고에 따라 당초 매입세액으로 공제받음으로써 과소 납부한 부가가치세 상당의 본세와 가산세를 납부한 사안에서, 원고에게 가산세를 면할 정당한 사유가 있는지 여부가 문제 된 사건

쟁점

판단 요지와 해설

1. 부가가치세법 제9조 제1항은 “재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도하거나 양도하는 것으로 한다.”라고 규정하고 있고, 같은 법 제32조는 제1항에서 “사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭, 공급받는 자의 등록번호, 공급가액과 부가가치세액, 작성 연월일, 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항을 적은 세금계산서를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.”라고 규정하고 있다.

한편 부가가치세법 제32조 제7항은 “세금계산서의 기재사항을 착오로 잘못 적거나 세금계산서를 발급한 후 그 기재사항에 관하여 대통령령으로 정하는 사유가 발생하면 대통령령으로 정하는 바에 따라 수정세금계산서를 발급할 수 있다.”라고 규정하고, 그 위임에 따른 부가가치세법 시행령 제70조 제1항 제9호는 ‘세율을 잘못 적용하여 발급한 경우(제5호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우로서 과세표준 또는 세액을 경정할 것을 미리 알고 있는 경우는 제외한다)’를 수정세금계산서 발급사유 중 하나로 들고 있으며, 위 괄호 안의 수정세금계산서 발급 제외사유로서 같은 항 제5호 각 목은 ‘세무조사의 통지를 받은 경우’(가목), ‘세무공무원이 과세자료의 수집 또는 민원 등을 처리하기 위하여 현지출장이나 확인업무에 착수한 경우’(나목), ‘세무서장으로부터 과세자료 해명안내 통지를 받은 경우’(다목), ‘그 밖에 가목부터 다목까지의 규정에 따른 사항과 유사한 경우’(라목)를 들고 있다.

2. 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세의무자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반하였을 때 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상의 제재이다. 따라서 단순한 법률의 부지나 오해의 범위를 넘어 세법 해석상 의의(疑意)로 인한 견해의 대립이 있는 등으로 인해 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당하다고 볼 수 있는 사정이 있을 때 또는 그 의무의 이행을 그 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무를 게을리한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이러한 제재를 과할 수 없다(대법원 2022. 1. 14. 선고 2017두41108 판결, 대법원 2025. 6. 12. 선고 2024두66181 판결 등 참조).