과점주주가 된 원고가 쟁점회사 보유 부동산에 대하여 취득원가를 기준으로 과점주주 간주취득세의 과세표준을 신고하였다가, 그 취득원가에서 평가충당금을 공제한 장부가액을 기준으로 과세표준이 감액되어야 한다며 경정청구하였으나 피고가 이를 거부하자 그 경정거부처분의 취소를 구한 사건

쟁점

판단 요지와 해설

1. 구 지방세법(2023. 3. 14. 법률 제19230호로 개정되기 전의 것) 제7조 제5항 및 구 지방세법(2021. 12. 28. 법률 제18655호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제10조 제4항에 의하면, 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 지방세기본법 제46조 제2호에 따른 과점주주가 된 자는 해당 법인의 부동산등을 취득한 것으로 보고, 그 부동산등의 총가액을 그 법인의 주식 또는 출자의 총수로 나눈 가액에 과점주주가 취득한 주식 또는 출자의 수를 곱한 금액을 과세표준으로 하며, 과점주주는 조례로 정하는 바에 따라 과세표준 및 그 밖에 필요한 사항을 신고하여야 하는데, 다만 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 그 신고가액이 과세표준보다 적을 때에는 지방자치단체의 장이 해당 법인의 결산서 및 그 밖의 장부 등에 따른 취득세 과세대상 자산총액을 기초로 위 계산방법으로 산출한 금액을 과세표준으로 하여 취득세를 부과하도록 규정하고 있다.

이러한 규정에 의하면, 과점주주는 과점주주가 된 때에 법인의 자산을 취득한 것으로 의제되고, 이에 따른 취득세의 과세표준은 위 취득의제 당시의 그 법인의 자산총액을 기준으로 산정하며, 과세표준을 해당 법인의 결산서 기타 장부 등에 의한 자산총액을 기초로 산출하는 경우에는 취득의제 당시의 장부가액을 기준으로 과세표준을 산출하여야 한다(대법원 1983. 12. 13. 선고 83누103 판결, 대법원 2008. 3. 14. 선고 2007두11399 판결 참조). 이는 간주취득세의 납세의무자가 과세표준을 자진신고 하는 경우에도 마찬가지이다. 구 지방세법 제10조 제4항 후문에 따라 과점주주가 신고하여야 할 과세표준은 간주취득세에 관한 정당한 과세표준을 의미하는 것이고, 따라서 신고된 가액이 해당 법인의 결산서 및 그 밖의 장부 등에 따라 취득세 과세대상 자산총액을 기초로 하여 산정한 정당한 과세표준에 미달하는 한 과세관청은 과세표준을 신고 내용과 달리 산정할 수 있다고 보아야 하기 때문이다.

2. 한편 구 지방세법 제10조 제1항, 제2항 본문, 제5항 제3호는, 취득세의 과세표준은 취득 당시의 가액으로 하고, 이는 취득자가 신고한 가액으로 하되, 판결문ㆍ법인장부 중 대통령령으로 정하는 것에 따라 취득가격이 증명되는 취득에 대하여는 사실상의 취득가격을 과세표준으로 하도록 규정하고 있다.

이와 같이 법인의 장부가액을 취득가액으로 보고 이를 과세표준으로 한 취지는, 객관화된 조직체로서 거래가액을 조작할 염려가 적은 법인의 장부가액은 원칙적으로 실제의 취득가격에 부합하는 것으로 볼 수 있는 신빙성이 있음을 전제로 하는 것이므로, 법인의 장부가액이 실제의 취득가격에 부합되는지 여부에 관계없이 무조건 법인의 장부가액을 취득세의 과세표준으로 하여야 하는 것은 아니다(대법원 1993. 4. 27. 선고 92누15895 판결 등 참조). 나아가 이러한 법리는, 간주취득세와 관련하여 구 지방세법 제10조 제4항에 의거하여 해당 법인의 결산서 및 그 밖의 장부 등에 따라 취득세 과세대상 자산총액을 기초로 과세표준을 산정할 때에도 동일하게 적용된다고 보아야 한다.